Nhiều năm sau kết thúc của Torchlight gốc, Alchemist (nhân vật có thể điều khiển trong trò chơi đầu tiên) bị suy đồi bởi Ember Blight đến từ trái tim của Ordrak, thực thể xấu xa là nguồn gốc của sự suy đồi bên dưới thị trấn Torchlight, và sau đó phá hủy thị trấn. Nhân vật của người chơi có nhiệm vụ ngăn chặn nhân vật phản diện này, người đang sử dụng sức mạnh của Ordrak để làm phá hỏng sự cân bằng giữa sáu yếu tố của thế giới [7].

Khi trò chơi tiến triển, người chơi sẽ du hành trên nhiều khu vực địa lý rộng lớn, tương ứng với ba "act" của câu chuyện và một kết thúc [11]. Act I, Wake of the Alchemist, được thiết lập trong vùng núi Estherian Steppes, và Act II là trong một sa mạc được gọi là Mana Wastes, và Act III diễn ra trong Grunnheim, một khu rừng ma ám có chứa những tàn tích của một nền văn minh cổ đại của người lùn. Một Trại lính Hoàng gia phục vụ như thị trấn của người chơi [7].